Der File Organizer richtet auf dem Desktop ein eigenes Icon ein. Zieht der Anwender nun eine Datei auf dieses Icon, so wird diese nach zuvor aufgestellten Regeln automatisch bearbeitet. Abhängig vom Dateityp oder bestimmten Buchstabenfolgen im Dateinamen können die Dateien in einen bestimmten Ordner verschoben und auf diese Weise vollautomatisch wegsortiert werden. Dateien lassen sich aber auch gern automatisiert komprimieren, kopieren oder löschen. Die Löschfunktion lohnt sich etwa bei Downloads, die auf Wunsch automatisch nach einigen Tagen vom Rechner entfernt werden. So bleibt der Download-Ordner immer leer. Der File Organizer nimmt seine Arbeit nicht nur über das Desktop-Icon entgegen. Das Tool kann auch bestimmte Verzeichnisse wie etwa den Download- oder das Desktop-Verzeichnis überwachen, um an dieser Stelle neu aufschlagende Dateien den Regeln entsprechend zu bearbeiten. Eine solche Überwachung lässt sich auch auf externe USB-Laufwerke erweitern, sodass auch diese Medien automatisch aufgeräumt werden.